一些过滤器，特别是在柴油发动机上发现的过滤器，具有碗状设计，可在底部收集水（因为水比柴油更稠密）。然后，可以通过打开滤杯底部的阀门并让其用完来排干水，直到滤杯中仅包含柴油为止。许多柴油滤清器都包含一个水传感器，可将信号发送给发动机控制单元如果水位达到警告水位，则直接给驾驶员。特别不希望将燃油中的水吸入柴油发动机燃油系统，因为该系统依靠柴油来润滑活动部件，并且如果水进入需要持续润滑的活动部件中（例如喷油器阀 ），将迅速导致过热和不必要的磨损。这种类型的过滤器可能还包括一个传感器，当需要将过滤器中的水排干时，该传感器会警告操作员。靠近柴油机燃油滤清器的地方可能有一个燃油加热器，以避免在过滤元件内部形成石蜡（在低温情况下），这会阻止燃油流向发动机。
